Ebamõistlik ventilatsiooni ja õhuvoolu korraldus on veel üks põhiprobleem, mida ei saa eirata õõneskapslite tootmisliinide puhaste ruumide ehitamisel. Puhta ruumi põhiülesanne on hoida puhas keskkond, mis ei sisalda tolmu, mikroorganisme ja muid saasteaineid ning selle funktsiooni tagamise aluseks on mõistlik ventilatsioon ja teaduslik õhuvoolu korraldus. Kuid tegeliku ehitusprotsessi käigus tekib õhu sissepuhke- ja tagasivoolusüsteemide ning rõhuerinevuse reguleerimise ebaõige projekteerimise tõttu sageli mitmeid probleeme, nagu õhuvoolu surnud tsoonid, turbulentne vool ja ristsaastumine, mis mõjutab tõsiselt tootmiskeskkonna puhtust ja õõnsate kapslite kvaliteeti.
Õhu sissepuhke- ja tagasivoolusüsteemide ebaõige projekteerimine on õhuvoolu ebamõistliku korraldamise peamine põhjus. Õõneskapslite tootmisliinide puhta ruumi projekteerimisel peavad õhu sissepuhke- ja tagasivooluavade paigutus, õhuhulk ja tuule kiirus olema rangelt vastavuses tootmisprotsessi ja töökoja paigutusega. Kuid paljudel ehitusjuhtudel ei arvestata õhu sissepuhke- ja tagasivoolu kavandamisel täielikult iga tootmisprotsessi eripära (nt liimi segamine, kastmine, kuivatamine, lõikamine, sobitamine, sisepakend jne), mille tulemuseks on ebamõistlik õhuvoolu suund ja õhu ebaühtlane jaotus töökojas. Ühest küljest moodustuvad töökoja kohalikes piirkondades õhuvoolu surnud tsoonid. Nendel surnud tsoonidel on halb ventilatsioon ning tootmisprotsessis tekkivad saasteained, nagu tolm ja mikroorganismid (nt kapsli lõikamisel tekkiv tolm ja õhus olevad mikroorganismid) ei saa õigeaegselt väljutada ning kogunevad pidevalt, hävitades töökoja puhta keskkonna. Teisest küljest tekib mõnes piirkonnas õhuvoolus turbulentne vool. Korrastatud õhuvool ei mõjuta mitte ainult puhta ruumi keskkonna stabiilsust (nt põhjustab temperatuuri ja niiskuse kõikumisi), vaid viib ka tootmisprotsessis tekkiva tolmu ja mikroorganismide juhusliku leviku töökojas, suurendades erinevate tootmislülide vahelise ristsaastumise ohtu.
Õhuvoolu ebamõistlikust korraldamisest põhjustatud ristsaastumine on suur varjatud oht, mis mõjutab õõnsate kapslite kvaliteeti. Ravimikandjatena kasutatakse õõnsaid kapsleid, mille puhtusnõuded on äärmiselt kõrged. Kui erinevate tootmislülide vahel tekib rist-saastumine (nt suurema tolmusisaldusega liimi segamisala ja kõrgete puhtusnõuetega sisepakendamisala ristsaastumine), põhjustab see otseselt kapsli kesta saastumist, mõjutab järgneva ravimi täitmise ohutust ja tõhusust ning põhjustab tõsistel juhtudel isegi toodete partiide lammutamist. Näiteks kantakse kapsli lõikamise protsessis tekkiv tolm turbulentse õhuvooluga sisepakendi piirkonda, mis kleepub valmis kapslite pinnale, mille tulemuseks on toote ebanormaalne puhtus; madala-puhtusega piirkonnas olevad mikroorganismid levivad kõrget-puhtust moodustavasse piirkonda, mis võib põhjustada kapsli kesta mikroobset saastumist.
Lisaks on erinevate funktsionaalsete piirkondade rõhuerinevuse kontrolli ebaõnnestumine veel üks oluline ebamõistliku ventilatsiooni ja õhuvoolu korralduse ilming ning see on ka võtmetegur, mis põhjustab tolmu ja mikroorganismide levikut. Õõneskapslite tootmisliinide puhasruumis on erinevatel funktsionaalsetel aladel (nagu tooraine ladustamise ala, liimi segamisala, vormimisala, pakendamisala, jäätmekäitlusala jne) erinevad puhtusnõuded ning õhuvoolu suuna kujundamiseks kõrge -puhtusega alalt madala-puhtuseni, et vältida saasteainete levikut, on vaja mõistlikku rõhuerinevust. madala-puhtusega alast kõrge-puhtusega alani. Kuid ehitusprotsessi käigus ei saa ventilatsioonisüsteemi õhuhulga tasakaalu ebaõige projekteerimise, rõhuerinevuse andurite ebamõistliku seadistuse või töökoja korpuse konstruktsiooni halva õhutiheduse tõttu erinevate funktsionaalsete piirkondade rõhuerinevus saavutada ettenähtud normi ja tekib isegi vastupidine rõhuerinevus.
Kui rõhuerinevuse reguleerimine ebaõnnestub, muutub õhuvoolu suund funktsionaalsete piirkondade vahel vastupidiseks või häirituks, mis põhjustab madala{0}}puhtusega alas oleva tolmu, mikroorganismide ja muude saasteainete leviku-kõrge puhtusega piirkonda. Näiteks kui rõhuerinevus liimi segamisala (madal puhtus) ja vormimisala (kõrge puhtusaste) vahel ei vasta standardile, siis levib liimi segamispiirkonnas tekkiv tolm koos õhuvooluga vormimisalale, saastades liimilahust ja moodustava kapsli kesta; jäätmete kõrvaldamisalal, kus on rohkem mikroorganisme, voolab õhk vastupidise rõhu erinevuse tõttu tagasi pakendialale, mille tulemuseks on valmiskapslite mikroobne saastumine. Samal ajal mõjutab rõhuerinevuse kontrolli rike ka puhta ruumi õhutiheduse normaalset toimimist, süvendades veelgi õhuvoolu häire ja saasteainete difusiooni probleemi.
Kokkuvõtteks võib öelda, et ebamõistlik ventilatsiooni ja õhuvoolu korraldus, sealhulgas õhu juurde- ja tagasivoolu ebaõige projekteerimine ning rõhuerinevuse kontrolli ebaõnnestumine, ei hävita mitte ainult õõneskapslite tootmistsehhi puhast keskkonda, vaid viib ka tolmu ja mikroorganismide levikuni, ristsaastumiseni ning lõppkokkuvõttes mõjutab toodete kvalifitseerimise määra ja kvaliteediohutust. See probleem on tihedalt seotud puhasruumi projekteerimise, seadmete valiku ja ehituskvaliteediga. Seetõttu on puhasruumi ehitamise varajases staadiumis vaja täielikult kombineerida õõnsate kapslite tootmisprotsessi omadused, optimeerida ventilatsiooni ja õhuvoolu korraldust, valida sobivad ventilatsiooni- ja rõhureguleerimisseadmed ning rangelt kontrollida ehituskvaliteeti, et tagada õhuvarustuse ratsionaalsus ja stabiilsus ning tagasivoolu õhu ja rõhuerinevuse reguleerimine.